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上海交通大學(xué)提出基于信號通路的肝癌風(fēng)險預(yù)測模型

時間:2019-06-28來1源:中國科學(xué)報 作者:佚名

上海交通大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院俞章盛團隊在肝癌風(fēng)險預(yù)測研究方面取得新進(jìn)展。研究基于發(fā)現(xiàn)的13個與肝癌生存顯著相關(guān)的信號通路,構(gòu)建了肝癌風(fēng)險預(yù)測模型,在異質(zhì)性較高的肝癌的多個數(shù)據(jù)集中取得了較高的預(yù)測精度,并與新近發(fā)表的基于深度學(xué)習(xí)框架的預(yù)測模型進(jìn)行了多方面比較,表明了基于信號通路水平特征的模型在預(yù)測腫瘤風(fēng)險方面具有優(yōu)勢。該成果近日發(fā)表在EBio Medicine上。

肝癌是一種發(fā)病率和致死率雙高的腫瘤類型,多年來在全球流行病學(xué)統(tǒng)計中呈上升趨勢。大多數(shù)腫瘤類型研究慣常的分析方法是通過臨床或者高通量數(shù)據(jù)對腫瘤患者進(jìn)行分類,從而對不同臨床風(fēng)險類型采取更加個性化的治療方法。

研究人員采用了同樣的肝癌數(shù)據(jù)集,并通過表達(dá)數(shù)據(jù)提取對噪聲更不敏感的信號通路水平的PDS作為特征,來提高預(yù)測的精度與穩(wěn)定性。他們首先從3個較大的肝癌數(shù)據(jù)集中分別計算PDS,并篩選與肝癌生存風(fēng)險顯著相關(guān)的信號通路,進(jìn)一步探究信號通路之間的影響后,得到13個與肝癌生存顯著相關(guān)的通路;谶@些特征,研究團隊采用與深度學(xué)習(xí)研究同樣的統(tǒng)計模型,實現(xiàn)了對肝癌風(fēng)險預(yù)測性能的提升,并發(fā)現(xiàn)了多個與肝癌生存風(fēng)險相關(guān)的生物標(biāo)志物。

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