體系重構：五項資金如何分配？
NO.1國家自然科學基金：資助基礎研究和科學前沿探索。
NO.2國家科技重大專項：聚焦國家重大戰(zhàn)略產(chǎn)品和產(chǎn)業(yè)化目標。
NO.3國家重點研發(fā)計劃：針對事關國計民生的重大社會公益性研究，以及事關產(chǎn)業(yè)核心競爭力、整體自主創(chuàng)新能力和國家安全的重大科學技術問題。
值得一提的是，大家熟悉的科技部管理的國家重點基礎研究發(fā)展計劃（“973”）、國家高技術研究發(fā)展計劃（“863”）、國家科技支撐計劃、國際科技合作與交流專項，發(fā)改委、工信部共同管理的產(chǎn)業(yè)技術研究與開發(fā)資金，農(nóng)業(yè)部、衛(wèi)計委等13個部門管理的公益性行業(yè)科研專項等，都將納入進來，整合形成國家重點研發(fā)計劃。
NO.4技術創(chuàng)新引導專項（基金）：支持企業(yè)技術創(chuàng)新。
NO.5基地和人才專項：支持科研基地建設和創(chuàng)新人才、優(yōu)秀團隊的科研活動。
整合優(yōu)化：杜絕“多頭申報”“跑部錢進”
目前在我國有上百個科技計劃項目，而直接管理這些項目的國家機關有40多個，管理“九龍治水”、財政資金“天女散花”現(xiàn)象可見一斑。“龐雜的體系，造成了科研項目重復申報、科技計劃碎片化等種種弊端。”
這種體制帶來的直接后果是，科研項目多頭申報、科研人員“跑部錢進”、項目經(jīng)費缺乏監(jiān)督等。中國農(nóng)科院有關負責人曾向中國青年報記者透露，該院2012年各研究所申報科研項目渠道平均多達21個，其中來源渠道最廣的3個研究所分別為43個、34個和25個。
整合形成的新五類科技計劃（專項、基金等）既有各自的支持重點和各具特色的管理方式，又彼此互為補充，通過統(tǒng)一的國家科技管理平臺，建立跨計劃協(xié)調機制和評估監(jiān)管機制，確保五類科技計劃（專項、基金等）形成整體，聚焦重點，且避免交叉重復。
職能轉變：政府退后，權力放交專業(yè)機構
政府職能轉變，從項目的日常管理和資金的具體分配中解放出來后，將依托專業(yè)機構具體管理項目。
對專業(yè)機構的遴選：主要是對現(xiàn)有具備條件的科研管理類事業(yè)單位進行改造，形成若干符合要求的規(guī)范化的項目管理專業(yè)機構，并鼓勵具備條件的社會化科技服務機構參與競爭，推進專業(yè)機構的市場化和社會化。
要依托專業(yè)機構具體管理項目，也要規(guī)范專業(yè)機構的行為。一是明確了專業(yè)機構的確定程序，二是對專業(yè)機構的資質作出了規(guī)定，三是對規(guī)范專業(yè)機構的運行提出了要求。
疑問：專業(yè)機構會不會成為“二政府”，滋生新的權力尋租？
隨之而來的問題是，政府松手，將權力交給專業(yè)機構，會不會導致從“跑部門”到“跑機構”的異化？如何加強對專業(yè)機構的監(jiān)管，避免權力尋租和黑箱交易？
科技部科研條件和財務司司長張曉原說：“政府并非放手不管，而是要與專業(yè)機構簽訂委托協(xié)議，并制定規(guī)范和統(tǒng)一的項目評審規(guī)則�？萍疾�、財政部定期對其履職進行檢查、監(jiān)督和評價，并且建立責任倒查機制，可以說，監(jiān)管力度是大大加強了。而且專業(yè)機構也是動態(tài)調整的并接受社會監(jiān)督。”
隨著專業(yè)機構的介入，科研經(jīng)費的動態(tài)調整機制也將更加明晰，科技計劃專項基金從立項到結項，不再是一成不變，甚至有可能被提前終止。
在放了一部分權的同時，科技部則加強對科技計劃實施績效的評估評價和監(jiān)督檢查。完善科研信用體系建設和“黑名單”制度，建立對主管部門和專業(yè)機構工作人員的責任倒查機制，開展“一案雙查”，即在查處追究有關承擔單位和個人責任的同時，倒查主管部門和專業(yè)機構是否存在管理漏洞，是否有工作人員在項目管理中存在瀆職或以權謀私等行為。
有專家稱，這一方案的出臺，意味著我國科技投入的管理將出現(xiàn)歷史性轉折。
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